基于对B—29这种名副其实的超级空中堡垒的信任，孙百里在返回统帅部的当天就命令刘志航与柯蒂斯·李梅上校密切合作，制定切实可行的轰炸方案上报统帅部。柯蒂斯·李梅上校对孙百里提起的轰炸方案，其实就是美国参谋长联席会议商谈出来准备对付日本的，由中国空军实施的话，既能达到报复日本的目的，又能避免担负道义上的责任，所以上校非常热心，几乎独自一人就包揽了全部计划。
两天后，刘志航和柯蒂斯·李梅上校带着计划书兴冲冲地来到统帅部向孙百里报告，但是出乎预料的是，这份计划书遭到了军政部长何应钦的坚决反对！
何应钦铁青着脸说道：“无论出于何种目的，我都不会同意这种专门以平民和居民区为主要目标的轰炸行动，使用燃烧弹更是不可思议！我们是军人，不是刽子手、屠夫！如果中国空军这样干了，和日本军队有什么区别？”
何应钦知道孙百里是这个计划坚定支持者，碍于他的身份不好当面指责，只好尽量委婉地劝谏道：“总统，我和大家一样都非常痛恨日本政府和军队，但是日本人民并没有错，他们也是军国主义的受害者！‘己所不欲，勿施于人’，中国是有五千年文明史的国家，我们的传统是以德报怨，以德服人，而不是以暴制暴，把仇恨继续传播下去。”
没等孙百里出声，白崇禧就反驳道：“何部长，跟禽兽讲道理，并不得能体现你的仁慈，只能说你迂腐！纵观中日两国两千年的交往历史，中国始终以一个宽厚长者的态度来教育、引导日本，可是它是怎么回报我们的呢？先是以海盗的形式劫掠边境，等到羽翼已就的时候就直接与列强一起瓜分中国，最后还想独吞，这些历史和现实难道你不是很清楚吗？”白崇禧长长地出了口气，平复一下自己激动的心情，“落水狗一定要痛打，要不然就会被它反咬一口，更何况这条狗刚刚被逼到河边，还没有落水呢？”广西全境几乎都沦于日军手中，几十次的轰炸把南宁和桂林险些夷为平地，白崇禧对日本人的仇恨可想而知，怎么可能轻饶日本人呢！
白崇禧的话音刚落，陈诚激愤的声音就响了起来：“倭寇无端占我国土，屠戮同胞，妄图将中华民族亡国灭种，何长官却要和它讲仁义，不是太可笑了吗？国家仇、民族恨、重如山，这些都是要清算的！”说到这里，陈诚的眼前浮现出无数牺牲在日军枪口下的弟兄，想起在日军轰炸下无处可逃的民众，想起数以百万的难民，想起惨死在日军炸弹下的蒋委员长，情不自禁地反问道：“何长官，你早年曾经在日本陆军士官学校留学，与日军很多高级将领有同窗之谊，对日本自然有深厚的感情，是不是对它们下现在的处境非常同情，动了你的恻隐之心？”
“修辞，我不同意这么做完全是出于道义的考虑，不希望我们的国家背负屠戮妇孺的恶名，并不是对日寇有恻隐之心！”何应钦毕竟年长一些，虽然极度愤怒，但是还是用平静的语气耐心解释，“当年在华北与梅津美治郎进行交涉的时候，日本情报机关先后三次派人刺杀我，我怎么可能还和他们讲什么情谊！？
何某再鲁钝，也明白国仇家恨与个人感情孰轻孰重，不用你特意提醒！”
孙百里也被何应钦的态度弄得满肚子火气，也很想把他臭骂一顿，但是当他看到刘志航与柯蒂斯·李梅上校两人坐立不安的表情之后，急忙打消了这个念头，转而非常耐心地进行说服、解释：“何部长，抗战已经打了将近七个年头了，日军士兵的表现你也看到了，如果真的是受到蒙蔽的话，怎么可能如此强悍呢？平民穿上军服、拿起武器就是军人，但是其思想观念的改变却不是朝夕之间就能够实现的，绝大部分日本人是自觉自愿参战的，并不是什么军国主义思想毒害的结果！抗战爆发后的头几年，中日两国还没有正式宣战，国民政府仍然有外交人员留在日本，他们看到的是日本举国上下都全力以赴在支持这场战争，而不是抵触——每当日军在中国战场取得较大的胜利，日本民众就举行声势浩大的游行来庆祝，青年男子更是也入伍参战为荣，年轻女子甚至争先恐后地去做慰安妇，这些说明了什么？说明日本国民是发自内心地支持战争，如果说日本军国主义集团是一颗毒瘤的话，那么日本国民就是培育它的沃土！让他们来承担后果是最合适不过的！”
刘志航补充道：“我们在轰炸过程中发现，很多日本工人甚至在炸弹临头的情况下还坚守在自己的岗位上，从而使兵工厂的生产没有受到太大影响，班加点地制造出各种武器、弹药和军需品，源源不断地送往前线；一些军国主义狂热分子甚至在轰炸的时候故意到街头饮酒作乐，仰头冲着轰炸机大笑，这些行为怎么看也不像是宣传的结果！”
何应钦在众人的围攻和说服下，态度有所松动，同意了日本民众应该承担战争责任的说法，但是仍然不同意对平民区进行轰炸，他说道：“我们可以把日本看作一条疯狗，以前被它咬了一口，难道我们也去咬他一口？那我们不是自降身份吗？”
孙百里知道，中国数千年的儒家文化已经在何应钦的心灵留下深深的烙印，很难在短时间内说服他，但是还是做了最后的尝试：“何部长，我们国家在过去的两三千年时间里，一直认为自己是世界的中心，以泱泱大国自居，习惯用居高临下的态度来处理国与国之间的关系，所以才会一而再、再而三地宽恕日本的行为。然而，事实已经证明我们错了！中国并不是世界的中心，其他国家也不是蛮夷之地，国家之间实力的对比是通过科技和经济来实现的，这也是日本一个弹丸小国敢于侵略整个亚洲的原因，如果我们仍旧死抱着这种观念，放过日本，几十年后他们肯定会卷土重来，所以我们绝对不可以让子孙后代来为我们的错误付出血的代价——必须彻底解决日本！”
何应钦见孙百里的态度异常坚定，统帅部的另外两位长官也站在他那边，知道无法改变这个决定，无奈地说道：“我知道说服不了大家，也阻止不了这个决定，但是我保留自己的意见！另外，我要提醒诸位，联合舰队还没有被消灭，以日本人的性格，肯定会对国统区进行报复性轰炸，必须做好妥善的安排再动手！”
孙百里点了点头，说道：“这个问题我已经考虑过了，现在我们不但有强大的空军，而且有严密的地面防空阵地，另外还有美国航空队的支援，应付日本联合舰队的那三四百架飞机没有任何问题。当然，为了安全起见，从即日起，钦州湾和广州以南海域要派出携带电台和雷达的武装渔船进行巡逻，建立警戒线。”
一直冷眼旁观的柯蒂斯·李梅上校插话道：“根据爪哇守备部队提供的情报，联合舰队正在向棉兰老岛集结，估计最快也要一周时间才能启程，贵国还是有充足的时间准备！”
接着他又对何应钦说道：“何将军，我制定的轰炸计划的确非常残忍，但是却是为日本帝国量身定做的！日本民族的特点是崇拜强者，并愿意向强者学习；鄙视弱者，甚至认为弱者没有生存的权力，所以要想击败日本，并彻底消除战争的隐患，必须用最霸道的手段对付它！”
何应钦的脸上勉强挤出点笑容，说道：“看来你对日本人有很深的研究，那你们美国人的特点是什么，该如何应付？”
上校轻轻一笑，毫不犹豫地回答道：“美国人和美国政府基本上都是从商人的角度来处理问题，所以总是利益优先，了解这一点就很容易打交道了！”随后他又开始介绍起英国人的特点，“英国人和英国政府就像一个严谨的贵族绅士，面子和尊严比什么都重要，这也是丘吉尔首相总是板着脸的缘故！”说罢柯蒂斯·李梅坐了个鬼脸，把众人逗得大笑起来，争吵带来的紧张气氛也随之一扫而光。
柯蒂斯·李梅上校制定的空袭计划总共分成三个阶段：第一阶段，集中所有的B—17和B—29轰炸机，用燃烧弹对日本城市进行大范围面积轰炸，轰炸全部在深夜进行，以保障轰炸的安全；第二阶段，在前期的轰炸削弱了日本本土的防空力量之后，由B—29在白天实施精确轰炸，目标是重要军工企业，B—17继续在夜晚进行面积轰炸；第三阶段，完全掌握制空权之后，全部改为白天轰炸，目标是日本国内的港口、码头、车站等交通枢纽，为登陆扫清障碍。
统帅部随即通过了这份空袭计划，责成刘志航来负责实施，这时候，柯蒂斯·李梅上校借口中国飞行员可能还没有掌握夜间轰炸的技巧，强烈要求由随机而来的美国飞行员驾驶B—29进行第一次夜间轰炸，中国飞行员可以坐在副驾驶的位置上学习。
孙百里知道美国人非常迫切地想报本土被日本航空兵轰炸的一箭之仇，就非常爽快地答应下来，于是柯蒂斯·李梅上校带着满意的笑容离开统帅部。
3月9日，20架B—29和60架B—17从成都和西南两地起飞，在郑州机场补充燃油之后，在四十余架‘金雕’和七十余架P—40的护卫下，从八千米的高空向日本列岛飞去，于当天晚上十一点半顺利抵达东京的上空。
11点15分，轰炸机群最前面的两架导航轰炸机首先飞入东京市区上空，由于进行了灯火管制，地面上漆黑一片，非常宁静。导航轰炸机在距地面不足五百米的空中呈十字交叉地投下了两串凝固汽油弹，落地之后随即燃起了两条长达数百米、宽约几十米的巨大火龙，构成了一个巨大的十字，为高空中的B—29主机群标明了轰炸坐标。
“狗崽子，准备接受上帝的惩罚吧！”担任临时指挥官的柯蒂斯·李梅上校咬牙切齿地下达了攻击命令，然后驾驶着自己的座机抢先俯冲下去，紧接着，七十七架轰炸机依次鱼贯而下，向东京市区连续投掷了五百多吨燃烧弹，另外还有数十架经过改装的B—17直接撒下了数十吨汽油，原本零散的火焰迅速聚集成一股烈焰风暴！
此时，地面上正刮着大风，刹那间，风借火势，火助风威，烈火迅速席卷了整个东京，到处是滚滚的浓烟——一切全都被点燃了。地面温度几乎在瞬间就达到了一千摄氏度，树木、房屋以及人体全都发生自燃，连金属都被熔化了。地面上，大火像洪水般蔓延开来，四处逃窜的人群来回狂奔。但火焰很快就将他们舔倒，并迅速化为燃烧的焦炭。一些为了求生的人跳进池塘和河流中，但池水和河水在高温下也已沸腾，将他们活活煮死！
投弹之后，柯蒂斯·李梅上校并没有马上返航，而是继续在轰炸现场的上空盘旋了一会，这时候，地面建筑物剧烈燃烧产生的热浪笔直地冲了上来，把柯蒂斯·李梅的座机冲得上下颠簸，他的脸上终于浮现出满意的笑容——轰炸效果之好远远超出自己的预期！这才施施然踏上归途。
由于火势蔓延太快，火场面积特别大，几乎覆盖了大半个东京市区，使日军部署在市区附近的防空阵地也没能幸免，因而没有给中国空军轰炸机群造成任何损失，等到附近几座城市的日军战斗机升空拦截的时候，轰炸机群已经爬升到一万米的高空上，径直向中国内地飞去，最终连对方的影子都没有发现。
