收到南京的拨款后，孙百里立刻把软禁起来的黄光锐和几十名飞行员放出来，亲自礼送的飞机场。孙百里看黄光锐仍然怒气未消，道歉道：“黄司令，这几天实在委屈你们了，请千万不要往心里去，百里也有不得已的苦衷啊！”
黄光锐用嘲讽的语气说道：“孙将军真是太客气了！我们这几天吃得饱、睡得香，还有人二十四小时贴身保护，哪里有什么委屈可言！只不过像你这样为所欲为，小心不要步陈济棠的后尘啊！”
钟武听了火冒三丈，说道：“你这话也太歹毒了！我们这几天给你们好吃好喝地供着，连毫毛都没有动一根，难道也算委屈你了！”
孙百里急忙示意钟武不要再说，自己继续解释道：“黄司令，你也知道，我们十九路军虽然听命于中央，可是军费却要自筹，由于福建山多地少，土地贫瘠，筹措经费非常困难，经常是捉襟见肘。这次，南京命令十九路军讨伐陈济棠，却又不给军费，逼得我们只好出此下策，你们只是适逢其事，不是针对你们的！”
黄光锐听他这么说，火气稍微消了点，说道：“我现在总算明白为什么十九路军能在你的手里发展壮大了！连这样的机会都能抓住！难道你早就知道我们要从韶关经过？”
孙百里笑着说道：“我哪里有那么厉害，刚看到飞机的时候，把我都吓出一身冷汗，以为是陈济棠派来轰炸我们的。直到在机场看到飞机的时候才想出这个办法的。”然后又说道：“其实这件事对黄司令也不是坏事呀！”
黄光锐问道：“什么意思？”
孙百里回答道：“为了让我放掉你们，委员长毫不犹豫地拨了一百五十万，由此可见，对你们还是相当器重的。”
黄光锐本来一肚子的火，结果被孙百里这样一说，反而不好意思再发作了，只好又和孙百里客套几句，然后指挥飞行员登机，分批次升空离开。这批飞机总共七十二架，除了两架临时出现故障不能起飞，其余的飞机在半个小时内全部升空，朝南昌方向飞去。
钟武眺望着逐渐消失在天际的机群，不解地问道：“军长，你费这么大的力气和姓黄的解释干什么？”
孙百里说道：“这位黄司令不愿意和陈济棠同流合污，很识大体，又有这么多部下追随，应该是个很好的空军指挥官，我们以后说不定要会需要空军的援助，把关系搞得太僵了没有好处。”
钟武点头表示理解，接着又问道：“那剩下的两架飞机怎么处理？难道给南昌送过去？”
孙百里说道：“把这两架飞机和机库里面正在维修的那两架一起运回龙岩，让兵工厂的人先熟悉熟悉，等条件允许的时候，再开设个飞机厂。这区区两架飞机，委员长应该不会介意的。”
空军部队的集体叛逃给陈济棠异常沉重的一击，因为在发动事变之前，他曾经专门找大师算命，得到‘机不可失’四个字，本来以为是机会难得，现在一想，居然是飞机不能丢的意思，既然飞机已失，岂不是说大事已去？
正当陈济棠六神无主的时候，湖南前线的第一军军长余汉谋和第二军军长陈达通电全国，表示拥护南京政府。余汉谋随即被蒋介石委任为广东绥靖主任兼第四路军总司令，掌握广东的军政大权。陈济棠见大事已去，命令驻守广州的嫡系陈汉光部到广西投奔桂系，自己则通电下野，取道香港出国考察。然而，被陈济棠依为亲信的陈汉光拒绝投奔桂系，主动接受余汉谋的改编，加入了中央军的阵营。
蒋介石解决了广东陈济棠后，便全力对付广西，电令白崇禧‘出国考察’，调李宗仁到南京军事委员会担任委员，由黄绍竑出任广西绥靖主任，处理善后事宜。李宗仁和白崇禧断然拒绝，蒋介石立刻命令孙百里的十九路军在改编的粤军配合下，从东面包围广西，而中央军则从湖南、贵州和四川等地全面推进，准备武力解决广西。李宗仁和白崇禧不甘示弱，在广西全境发布总动员令，迅速征集了十万余人的军队在边境防守，准备迎战，摆出决斗的架势，内战成一触即发之势！
消息传出后，全国舆论大哗，各界人士都认为双方应当采取克制的态度，不能把宝贵的力量消耗在无益处的内战上面。这时候，国民党内的几位元老出面调停，经过半个多月的反复磋商，最后，双方终于妥协，避免了战争。蒋介石收回成命，同时答应李宗仁和白崇禧提出的‘确定抗日计划’等条件。而李宗仁和白崇禧则接受蒋介石的新任命，明确表示服从中央领导。
九月中旬，蒋介石、李宗仁在广州会晤，言归于好，意味着广西问题已经和平解决，至此，两广事变宣告结束，两广也结束了与南京蒋氏政权对峙的状态，长江以南的省份已经完全处在南京政府的控制下，基本上做到了军令和政令的统一。
战事已经没有了，十九路军就没有继续留在广东的必要，结束了与李宗仁的会晤后，蒋介石立刻命令十九路军全部撤出广东，为了安抚孙百里，把赣南地区正式划归福建绥靖公署管辖，实际上，十九路军已经控制这里将近两年了，故而又是一个空头人情。
接到命令后，孙百里一边指挥部队撤离，一边把事先已经清点的各种物资装车，运回福建。韶关是广东矿产最为丰富的地区，陈济棠在这里开设了数十个矿场，由于事变的关系，开采出来的矿石有很多都没有运走，结果被孙百里老实不客气地全部接收。为了争取时间把矿石全部拉走，十九路军的撤离行动进行的异常缓慢，足足花了一个半月才完成。为此，国防部连续下了三次催促的命令，都被孙百里以各种籍口搪塞过去了。
