三六年十月底，赴德国培训的一百名医生学成回国，孙百里指示从中挑选二十人组建福州医学院，建立医学人才的培养机制，而其余的人全部充实到各地的公立医院。接着，省政府正式启动医疗合作社计划，先由政府提供八十万元的启动资金，然后开始在全省范围内吸收参与者。为了增强计划的影响力，孙百里和省政府的主要官员率先加入。经过一段时间的宣传，不少人抱着试试看的态度加入进来，然后再到公立医院看病，结果真的没有收取任何费用，消息传出后，收入最低的工人和农民首先行动起来，纷纷加入，城市的小工商业者和普通市民在经过观望后，也逐渐接受这种做法，把自己变成社员，合作社基本上覆盖了中低收入的阶层。
为了扩大兵源，同时为境内日益蓬勃的工商业提供源源不断的劳动力，福建省政府在周边的江西、湖南、广东、浙江等地开设招工处，以非常优厚的待遇吸引外地人到福建来。由于福建的工资比其他地方高出不少，很快吸引了大批年轻人，圆满地完成了招工的任务。
这时候，德国政府的援助项目已经全部能够正常生产，其中钢铁厂的产量甚至超过了预定目标，达到年产12000吨，在满足下游军工企业需要的同时，把多余的钢材投放到市场上。兵工厂已经能够生产包括大口径火炮在内各种武器装备，使十九路军可以自给自足，不再需要花费巨款从德国购买，节省下来的钱用来购买机器设备，扩大生产。
福建的经济在飞速发展，而此时的中国也相对处于发展中的黄金时期，国民政府提出的国民经济建设运动和币制改革取得良好的效果，使三六年的经济水平达到自成立民国以来的最高点。在经济发展的支持下，国民政府积极整编军队，构筑国防工事，准备和日本决战，同时，也没有忘记命令驻扎在西北的东北军张学良部和西北军杨虎城部对陕北的红军根据地进行围剿，消灭国内的最后一个反对势力。
东北军和西北军受到全国日渐高涨的抗日运动推动下，厌倦了继续内战，两军领导人张学良、杨虎城开始与共产党及红军发生联系，希望能够停止敌对状态，团结抗日。南京政府对西北前线的进展非常不满，在多次下令督促不果的情况下，蒋介石于12月4日亲自飞抵西安，命令抓紧进攻，如若不然，就把东北军和西北军解散。
张学良杨虎城力劝蒋介石联合共产党，共同抗日，被其严词拒绝，于是两人决定采取兵谏。12月12日，张学良的卫队突然包围蒋介石在西安的临时寓所华清池，经过短暂的交火后，解除了蒋介石卫队的武装，抓获蒋介石。与此同时，西北军在杨虎城的指挥下，把西安城内随同蒋介石前来的南京政府高级军政人员十几人全部扣押。这就是震惊中外的‘西安事变’。
张学良、杨虎城于12日当即宣布取消“西北剿匪总部”，成立抗日联军西北临时军事委员会，张学良、杨虎城分任正、副委员长。通电全国提出改组南京国民政府，停止内战，释放救国会领袖及一切政治犯，开放民众爱国运动，保障人民集会、结社自由，实行孙中山遗嘱，召集救国会议等8项主张。同时致电陕北的中共中央，邀请派代表到西安工商团结抗日大计。
事变发生后，南京国民政府中以何应钦为首的亲日派主张进攻西安，借机扩大事态，夺取蒋介石的统治权力，以便进一步与日本妥协。英、美为首包括德国在内的西方列强，及亲英、美的宋子文、孔祥熙则希望事变和平解决，以维护蒋介石的统治地位，使中国避免陷入新一轮的内战。包括十九路军在内的各地方势力对此的反应也非常一致，坚决要求和平解决。
然而，夺权心切的何应钦于12月16日就任“讨逆军”总司令，调集十几个师的中央军向西安逼近，并派飞机轰炸西安临近地区。
为了挽回事态，宋美龄和宋子文紧急飞往西安，和以周恩来为首的中共代表、以张学良杨虎城为首的东北军西北军展开三方谈判，经两天讨论，三方达成了六项协议。第一、改组国民党和国民政府，驱逐亲日派，容纳抗日分子。第二、释放被押的上海爱国运动领袖，释放一切政治犯，保证人民的自由权力。第三、停止剿共政策，联合红军抗日。第四、召集各党各派各界各军的救国会议，决定抗日救国的方针。第五，与同情中国抗日的国家建立合作关系。第六、其他具体的救国办法。而中共方面向国民政府作出的承诺是：第一、停止推翻国民政府之武装暴动方针；第二、苏维埃政府改名为中华民国特区政府，红军改名为国民革命军，直接受南京政府与军事委员会指导；第三、在特区内实施普选的民主制度；第四、停止没收土地政策，执行抗日民族统一战线之共同纲领。
24日晚，周恩来亲自会见蒋介石，指出不抗日无以图存，非团结无以救国，坚持内战，必自速灭亡。蒋介石当即表示：“只要我生存一天，中国决不会发生反共的内战”，并以“人格”担保履行三方在谈判中达成的协议。25日，张学良释放蒋介石，并亲自陪蒋介石返回南京。至此，西安事变和平解决。西安事变的和平解决，揭开了国共两党内内战到和平，由分裂对峙到合作抗日的序幕。
日本政府获知协议的内容后，知道中国政府已经决心采取强硬的对日政策，以往那种逐步蚕食的策略很难再能得逞，于是开始疯狂扩充军队，抓紧时间储备战略物资，把大量原本生产民用品的工厂转作军事用途。同时，命令在中国的华北驻屯军派出大量的情报人员和潜伏的间谍配合，四处搜集中国军队的情报，紧锣密鼓地做着战争的准备工作。
与此同时，国民政府也在抓紧调整对内对外政策，在1937年2月召开的中国国民党五届三中全会上，确定停止内战，实行国共合作的原则；在对外政策上，公开表示，一旦‘如果让步超出限度，只有出于抗战之一途’。
