11月20日，国民政府大本营正式发布命令，任命唐生智为南京卫戍司令，组建南京卫戍司令部，拉开了南京会战的序幕。
孙百里早在11月16日就接到大本营的命令，要求十九路军坚守吴福线两周以上，为南京会战争取足够的时间来集结兵力。如果单纯从军事的角度来看，南京的确是个非常难以防御的地方，唐生智居然敢一力承担下来，这份勇气让孙百里非常佩服，其后，唐生智在记者招待会上的表态更是使孙百里对他刮目相看。唐生智说道：“本人奉命保卫南京，至少有两件事是有把握的：第一，即本人所属部队誓与南京共存亡，不惜牺牲于南京保卫战中；第二，此种牺牲定将使敌人付出莫大之代价！”
另外，唐生智为了表示破釜沉舟、背城借一的必死决心，要交通部长俞飞鹏把下关至浦口间的渡轮撤退，禁止任何部队和军人从下关渡江，并通知在浦口的第一军，凡由南京向北岸渡江的任何部队或者军人个人必须制止，如不听劝阻的话，可以开枪射击。唐生智的讲话经报纸报道之后，在社会引起强烈反响，声望急剧攀升，民众开始期待着国军能够在南京痛击日军。
然而，孙百里看了唐生智上任之后的兵力部署之后，立刻对这位素未谋面的训练总监产生了怀疑，因为划归南京卫戍司令部的部队已经达到十几万，可是还是全部配置在南京的周边地区，而在十九路军后方的锡澄线却没有部队驻扎。这样一来，只要日军愿意，随时可以从两条防线之间登陆，夹击十九路军，在腹背受敌的情况下，别说坚持两周，恐怕自保都有问题！
孙百里急忙把自己的意见写成详细的电文，向大本营报告，希望督促唐生智调整部署，重视锡澄线的防御。结果，大本营却把孙百里的电文直接转交给了唐生智。唐生智看完之后，立即给孙百里回电，称由于兵力不足，无法把防线推进到锡澄线，如果担心后方的安全，可以后撤到锡澄线布防，南京卫戍部队就可以随时进行支援。孙百里意识到自己不可能从唐生智那里得到任何帮助，只好先做打算了。
随后，孙百里立即召开军事会议，商讨如何在没有后援的情况下防守吴福线。这时候，十九路军收拢的溃兵已经达到两万余人，其中原本隶属于中央军的有五千余人，川军的则将近一万人，其他的都是些地方部队。为了方便指挥，孙百里把中央军全部划归高山峻，川军则给了向文彬。向文彬和高山峻理所当然地代表收拢的中央军和川军参加了会议。
孙百里简单地介绍了唐生智对防御南京的具体部署，然后说道：“南京的地形本来就易攻难守，日军又有强大的海军助阵，随时可以封锁长江，切断后方的补给线和撤退的道路，唐生智却把兵力收缩在南京附近，摆出一付挨打的架势，仗还没有打就已经输了三分！如果我们真的撤退到锡澄线布防，卫戍区的部队连整补的时间都没有，如何和日军抗衡？我看了一下，南京卫戍司令部下属的部队大多数都是淞沪会战撤下来的，其中第88师和第87师损失的兵员比例高达50%，并且都是有经验的老兵，战斗力肯定会受到很大的影响，最需要时间来修整部队。因此，我决定留在吴福线抵御日军，为后方部队争取时间，希望你们支持我！”
高山峻毕竟是第87师的人，立即表示同意，说道：“我支持孙将军的决定，同时也感谢十九路军弟兄的好意！高某誓与吴福线共存亡，一定要把日军拖在这里两周以上！”
钟武说道：“如果日军真的从后方登陆，夹击我军，岂不是连退路都没有了？”
孙百里回答道：“谢长风的补充师不日就会赶到，由他进驻锡澄线掩护我军后方，向文彬、高山峻两位老弟也率部前去增援，这样一来，也有将近三万人。日军如果还想抄我军的后路，至少要出动一个师团的兵力才行。”
向文彬和高山峻急忙说道：“吴福线必然是日军首先攻击的目标，我们怎么可以后撤，把十九路军单独留下呢？”
孙百里安慰道：“二位的心意我是明白的，但是收拢的部队军心不稳，迫切需要修整，更何况，很多弟兄连武器都没有，留下来只会增加伤亡，没有任何益处。谢长风会运送一批武器装备过来，你们先补充一下，如果日军没有登陆，只是从正面进攻的话，还可以上来增援的吗！”
李从文不放心地说道：“如果日军从太湖的右侧直接攻击南京，而只用少量的部队在这里牵制我们，占领南京之后，再从后面包抄，即使我们守住了两道防线也没有用。”
刘谦说道：“应该不会出现这种情况吧。日军难道就不担心牵制的部队被我们击破，然后挥师东下攻取苏州，进而威胁上海吗？”
孙百里赞许地点点头，说道：“刘谦说得很对，日军应该没有这么大的胆量！如果苏州被我们给夺回来，日本政府损失的就不单单是面子了！”
钟武说道：“以吴福防线工事的坚固和我军的战斗力来看，坚守两个周应该是可以的，但是如果太湖南路首先被敌人击破，南京失守，我们往哪里退呀？”听了钟武的话，其他几个指挥官全部把眼睛望着孙百里，显然都非常关心这个问题。吴福线左靠太湖，右临长江，虽然利于防守，可是却不好撤退，如果后路被堵，形势就非常危险了。因为日军控制着长江，是不可能渡江北逃的。
孙百里看了看大家，用沉稳的语气说道：“我的计划是，一旦后路被堵，就集中兵力，击破当前之敌，然后攻占苏州，接着佯攻上海，往浙南转移！”
