当黑珍珠号跃出海面，重回现实世界的时候，争执却又再次来到。
巴博萨、伊莉莎白·斯旺、杰克·斯派洛、威尔·特纳四个人互相用火枪指着对方，试图通过谈判来达成自己的目的。
巴博萨希望杰克·斯派洛前往沉船湾参加海盗王的聚会，而杰克·斯派洛却不希望参加一群海盗的聚会，他只希望离这些纷争远远的。伊莉莎白·斯旺和威尔·特纳也希望杰克·斯派洛参加，又把矛头对准了杰克；但是如果不参加聚会，杰克·斯派洛又依旧需要受到戴维·琼斯的控制，这也是他不愿意的。
最后，杰克·斯派洛第一个扣动了扳机，却发现，火药早就被海水浸湿了，根本就无法打火，喷出来的全部都是水，这一场争斗也十分无趣地就结束了。
当黑珍珠号在一个小岛上靠岸补充淡水的时候，却发现戴维·琼斯的章鱼海怪宠物的尸体，这是卡特勒·贝克特命令戴维·琼斯做的处决，这也让杰克·斯派洛颇有些兔死狐悲的心情。“世界还是一样大，只是我们的空间小了。”说出这句话之后，杰克·斯派洛也终于决定前往海盗王的聚会，加入抵抗卡特勒·贝克特的联盟。
但是还没有等杰克·斯派洛一行人找到淡水，就发现，他们已经被邵峰的手下控制住了。威尔·特纳为了得到黑珍珠号，出卖了巴博萨、杰克·斯派洛等一行人。杰克·斯派洛这才发现，威尔·特纳是为了救自己的父亲才来找自己的，伊莉莎白·斯旺则是因为内疚，巴博萨是为了海盗王聚会，甚至没有一个人是因为思念他才来救他的，这让杰克·斯派洛颇有怨言。
不过杰克·斯派洛并没有太多时间怨天尤人，因为邵峰和卡特勒·贝克特也达成了交易。威尔·特纳以巴博萨、杰克·斯派洛一伙人作为交换，与邵峰达成协议，赢得黑珍珠号，却没有想到邵峰却又把他一起出卖给了卡特勒·贝克特；同时，邵峰不认为这一群乌合之众可以打败飞翔荷兰人号，所以他站到了卡特勒·贝克特的一边，以这一群人换来黑珍珠号的控制权，但却没有想到，卡特勒·贝克特控制了所有人之后，直接就毁约，还是带走了黑珍珠号。
在这种情况下，巴博萨说服邵峰加入海盗王组织，一起对抗卡特勒·贝克特。邵峰却认为卡特勒·贝克特有了飞翔荷兰人号，又有了黑珍珠号，海盗组织根本没有对抗的资本；而巴博萨则说，他们拥有科莉布索！科莉布索，海洋女神，因为她当年控制了海洋，脾气暴躁无常，最终导致了当年第一届海盗工会九大海盗王一起使用咒语将其封印，现在巴博萨就希望重新聚集这一辈的九大海盗王，汇集信物，使用咒语将科莉布索释放出来，这就可以打败卡特勒·贝克特了。
邵峰同意了这个提案，不过交换条件时，伊莉莎白·斯旺必须跟他一起走。其实邵峰认为伊莉莎白·斯旺就是封印科莉布索的人类躯体。虽然威尔·特纳一再反对，但伊莉莎白·斯旺却责备是因为威尔·特纳的一意孤行让他们陷入到这个境地，于是同意了这个条件。
另一方面，杰克·斯派洛也与卡特勒·贝克特达成了协议，他带着卡特勒·贝克特前往沉船湾，并弄清楚所谓的“九枚西班牙银币”有什么作用；那么卡特勒·贝克特就勒令戴维·琼斯将杰克·斯派洛的债务一笔勾销。
黑珍珠号和邵峰的船队兵分两路离开了，卡特勒·贝克特追随黑珍珠号而去，然后派了詹姆斯·诺林顿去追邵峰的船队。
詹姆斯·诺林顿带着飞翔荷兰人号追上了邵峰船队之后，发起了攻击，邵峰意外死亡，在临死之前，他把自己海盗王的位置传给了伊莉莎白·斯旺，并且把信物交给了伊莉莎白·斯旺。而詹姆斯·诺林顿也再次和伊莉莎白·斯旺相见。
伊莉莎白·斯旺还是责备詹姆斯·诺林顿没有保护好自己的父亲，于是进入了飞翔荷兰人号的监狱里。在监狱里，她见到了比尔·特纳，可是此时的比尔·特纳已经成为了船体的一部分，记忆几乎都已经要消失殆尽，也就是为即使威尔·特纳救出了父亲，也已经太迟了，这让伊莉莎白·斯旺顿时感到心力交瘁。
詹姆斯·诺林顿私自放走了伊莉莎白·斯旺和邵峰的船员们，让他们回到了邵峰的船队上。詹姆斯·诺林顿表示了自己的歉意，伊莉莎白·斯旺要求他一起离开，但却发现比尔·特纳发现了他们的逃离，并且试图预警，于是詹姆斯·诺林顿留下来断后。结果，詹姆斯·诺林顿却被失去记忆的比尔·特纳所杀，换来了伊莉莎白·斯旺等人的逃离。
另外在黑珍珠号上，其实威尔·特纳也暗中与卡特勒·贝克特达成了交易，在之前新加坡与邵峰达成交易时，邵峰就是通过威尔·特纳与卡特勒·贝克特搭上的，只是威尔·特纳没有预料到邵峰居然踢开了自己直接和卡特勒·贝克特又有协议。此时，威尔·特纳就将尸体绑在酒桶上，然后扔在海面上，通过尸体吸引海鸥的方式给卡特勒·贝克特指明方向。
同样与卡特勒·贝克特达成交易的杰克·斯派洛发现了这一点，杰克·斯派洛答应，由他来杀死戴维·琼斯，掌控飞翔荷兰人号，给予比尔·特纳自由，然后威尔·特纳不仅拯救了父亲，又可以和伊莉莎白·斯旺在一起，而杰克·斯派洛则可以成为永远在海上漂泊。达成了协议之后，杰克·斯派洛就把威尔·特纳扔下了海，让威尔·特纳直接去与卡特勒·贝克特汇合，而他则继续留在黑珍珠号上。
当黑珍珠号抵达沉船湾的时候，提亚·朵玛试图离开，却被巴博萨留了下来，原来女巫提亚·朵玛就是科莉布索，而当年与戴维·琼斯相爱的也就是她。只是，科莉布索当年失去了控制，戴维·琼斯也不知道科莉布索到底是不是真的爱自己，无奈之下，才联合了其他八名海盗王，封印了已经丧失理智的科莉布索。
而科莉布索——也就是提亚·朵玛愿意去拯救杰克·斯派洛，也就是因为，当初九名海盗王一起封印了她，要接触封印也必须有九名海盗王！
很快，世界九大海盗王一起聚集在了沉船湾，他们分别是加勒比海盗王杰克·斯派洛，南中国海海盗王伊莉莎白·斯旺，里海海盗王巴博萨，印度洋海盗王萨巴吉，黑海海盗王安曼，地中海海盗王歇瓦勒，太平洋海盗王清夫人，大西洋海盗王乔卡德，亚得里亚海海盗王维兰纽。这久违拥有最强实力的海盗王举行了一场重要的会议。
在会议上，他们关于是正面迎战卡特勒·贝克特，还是躲在沉船湾这个不可摧毁的堡垒里发生了激烈的争议；另外关于是否应该释放科莉布索，九个人也是有不同的意见。无奈之下，他们只能请出了法典。
最后，杰克·斯派洛建议根据法典选出一位海盗王，来做出最后的抉择。各个海盗王都选择了自己，而杰克·斯派洛则出人意料地选择了伊莉莎白·斯旺。于是，伊莉莎白·斯旺成为海盗王。
伊莉莎白·斯旺主张战斗，但是出去之后才发现，卡特勒·贝克特的船队实在太过强大，无奈之下只能选择谈判。
海盗一方的代表是伊莉莎白、巴博萨和杰克，另外一方的代表则是贝克特、威尔和戴维。最终，杰克和威尔互相交换，而在杰克离开之前，巴博萨使了计策，将杰克·斯派洛封印科莉布索的信物留了下来。随后，战争一触即发。
杰克·斯派洛正如预期，登上了飞翔荷兰人号，他接下来要做的，就是找到戴维·琼斯的心脏，刺穿，然后取代戴维·琼斯成为飞翔荷兰人号的船长，然后帮助黑珍珠号调头去对付卡特勒·贝克特。
回到了黑珍珠号上，巴博萨成功地将科莉布索释放了出来，引发了剧烈的海啸。在海啸之中，黑珍珠号和飞翔荷兰人号展开了激烈的交火。
杰克·斯派洛历经千辛万苦终于拿到了戴维·琼斯的心脏，但就在他要举手刺下去之前，戴维·琼斯却先一刀刺穿了威尔·特纳的心脏。在这种情况下，杰克·斯派洛只能放弃了自己成为不死海盗船长的梦想，手握威尔·特纳的右手，刺穿了戴维·琼斯的心脏。戴维·琼斯死亡了，而飞翔荷兰人号也得到了解放，同时，威尔·特纳则成为了新任的飞翔荷兰人号船长。
飞翔荷兰人号在威尔·特纳的带领下，与杰克·斯派洛的黑珍珠号左右夹击，一起击沉了卡特勒·贝克特上将的战舰进取号！卡特勒·贝克特在明白事情的经过之后，被震惊了，所有船员都弃船而逃时，他却留在了船上，在漫天飞舞的木屑之中，他壮烈地被火光所吞没。
胜利后的威尔·特纳把心交给了伊莉莎白·特纳，然后带着仅剩的比尔·特纳船员，驾驶着飞翔荷兰人号重新踏上了旅程。而巴博萨船长则丢下了杰克·斯派洛，带上了黑珍珠号去寻找不老泉，但是他离开之后才发现，航海图的中间部分全部都被杰克·斯派洛挖走了，而被抛弃的杰克·斯派洛则带着神秘海图驾驶着小帆船，开始了他新的海盗之旅！
在电影结束之后，所有字幕都播放完毕时，还有一个小彩蛋。那就是十年后，伊莉莎白·斯旺带着她和威尔·特纳的儿子，在夕阳之下，与威尔·特纳再次相见。十年才能登陆一天，这是何其的艰辛和困难，但却因为这个对象而变得美好不已！
至此，“加勒比海盗3”落下了帷幕，也为整个海盗三部曲落下了帷幕！
